Sorbonne Université, le Muséum national d'histoire naturelle, l'Université technologique de Compiègne (UTC) et l'INSEAD Business School ont constitué l'Alliance Sorbonne Université, à l'origine de la création depuis 2017 de plusieurs instituts thématiques ou transversaux pluridisciplinaires, dont SU-ITE.

L'institut écologie et environnement (INEE) du CNRS a également participé à la fondation de SU-ITE.

L'institut noue des partenariats de projets avec toutes les structures ou organisations mobilisées pour contribuer à la transition environnementale. En particulier :

- L'Institut Pierre-Simon Laplace (IPSL), grand centre de recherches sur le climat.

- La Métropole du Grand Paris (MGP), intercommunalité de 131 communes et 7,2 millions d'habitants.

- La Ville de Paris.

- L'institut Paris Région

- L'association  Les Maires pour la planète.

- L'AREP, agence d'architecture pour un futur post-carbone.

- Le Centre des politiques de la Terre, Université de Paris

- Le GREC francilien, Groupe régional d'expertise sur le changement climatique et la transition écologique en Ile-de-France

- L'Urban Climate Change Research Network Europe (UCCRN Europe)